火龙果的种子小而众多，卵圆形、黑色，不同的品种硬度有很大差别，千粒重约3 -5克 ，因为种子过小，发芽率及出芽势都非常弱，难以应用到生产中。 国内外有关火龙果种子播种繁殖方面的研究报道涉及不多，为了确保火龙果优良遗传特性的稳定传承，而使用扦插、组织培养等无性繁殖技术，但是要获得更多的变异从而发现优良的后代，还得考虑到有性繁殖，但一般仅应用于科学实验。即便是在科研实验中，由于火龙果种子幼小，内部贮存的营养物质也少抗性很差，于是火龙果种子育苗期要特别注意保护，其保护的重点是营养供应和逆境影响。从种子萌生出的芽很小，苗也比较瘦弱，同样属于保护对象，工作中应特别注意。
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