属常绿乔木，树高一般达20米，干皮淡灰褐色，条片状纵裂。小枝排成平面。全部鳞叶，叶二型，中央叶倒卵状菱形，背面有腺槽，两侧叶船形，中央叶与两侧叶交互对生，雌雄同株异花。雌雄花均单生于枝顶，球果阔卵形，近熟时蓝绿色被白粉，种鳞木质，红褐色，种鳞4对，熟时张开，背部有一反曲尖头，种子脱出，种子卵形，灰褐色，无翅，有棱脊。幼树树冠卵状尖塔形，老时广圆形，叶、枝扁平，排成一平面，两面同型。花期3---4月，种熟期9---10月。
侧柏物种为中国植物图谱数据库收录的有毒植物，其毒性为枝、叶有小毒。人、畜中毒引起腹痛、腹泻、恶心、呕吐、头晕、口吐白沫，有时发生肺水肿、强直性或阵挛性惊厥、循环及呼吸衰竭等症状叶提取物有中枢镇静作用，小鼠腹腔注射叶的水煎剂LD50为15.2g／kg，灌胃石油醚提取物LD50为24.38／kg(均相当于叶重)。
树冠广卵形，小枝扁平，排列成1个平面。叶小，鳞片状，紧贴小枝上，呈交叉对生排列，叶背中部具腺槽。雌雄同株，花单性。雄球花黄色，由交互对生的小孢子叶组成，每个小孢子叶生有3个花粉囊，其内的小孢子母细胞经减数分裂产生许多不具气囊的花粉粒。
雌球花仅由4对交互对生的珠鳞组成，但只有中部的2对珠鳞各生1～2个直立的胚珠。珠鳞和苞鳞完全愈合。球果当年成熟，种鳞木质化，开裂，种子不具翅或有棱脊。
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